En effet, le XVIème siècle est la période la plus florissante de toute son histoire, une période pendant laquelle Úbeda a connu un grand développement au niveau économique grâce à une augmentation de la production agricole et à une diversification de l’artisanat. Ce développement économique a été accompagné d’une augmentation démographique, jusqu’à atteindre les 18 000 habitants. C’est pendant cette période que plusieurs personnages illustres vont laisser leurs traces sur la ville, parmi eux Saint-Jean de la Croix.
C’est aussi pendant ce siècle qu’on trouve certains membres de la petite noblesse d’Ubeda occupant les plus hauts postes de la bureaucratie, autant civile qu’ecclésiastique. La famille Cobos Molina en est un exemple frappant: son membre principal, Francisco de los Cobos, deviendra Secrétaire d’Etat de l’empereur Carlos V, ce qui lui permettra obtenir de lui un grand nombre de privilèges et concessions, ainsi qu’une grand fortune dérivée des bénéfices obtenus des postes administratifs qu’il occupait.
D’autres membres de la même famille, comme c’est le cas de Juan Vázquez de Molina ou de Diego de los Cobos, vont suivre les pas de Francisco de los Cobos et vont continuer à enrichir la ville avec la construction des plus importants monuments architectoniques du XVIème siècle à Úbeda, réalisés par de grands artistes comme Siloé, Vandelvira, Berruguete…
Au milieu du XXème siècle, l’industrie locale va expérimenter une forte augmentation grâce à l’élan qu’expérimente le pays, mais cela ne suffira pas pour affronter la hausse de population, condamnée à l’émigration. Néanmoins, l’Úbeda renaissante va, petit à petit, atteindre sa position actuelle comme référent au niveau départemental et à la tête de la région, mais aussi comme centre industriel et de services au niveau régional, dont l’importance est en hausse constante. Ainsi, le 3 juillet 2003 elle a été inscrite dans la liste du Patrimoine du monde par l’UNESCO, avec Baeza sa voisine.