Los primeros asentamientos que existieron en Úbeda se remontan a la Prehistoria, cuando durante la Edad del Cobre y del Bronce distintas comunidades habitaron en el lugar que hoy ocupa el barrio del Alcázar. También se han encontrado restos de la época tardorromana y visigoda, que hacen suponer la existencia de un pequeño núcleo de población dependiente de la colonia romana de Salaria, conocida como Úbeda la Vieja.
En busca de intercambios llegaron a Úbeda los griegos y más tarde los cartagineses, siendo estos últimos vencidos por los romanos tras largas guerras. Bajo el Imperio Romano la ciudad sería conocida como Bétula (Baetula). Sin embargo, Úbeda adquiere su verdadera entidad como un importante núcleo de población en época árabe.
Es fundada por Abderramán II (822-852), que la llamó Medinat-Ubbadat Al-Arab (Úbeda de los Árabes). Debido a su artesanía, comercio y agricultura se convirtió en una de las ciudades de mayor importancia de Al-Ándalus. Su recinto encerraba más de 35.000 hectáreas.
La ciudad es conquistada por el Rey Fernando III «el Santo. La toma de Úbeda dio paso a la coexistencia de diferentes culturas, la árabe, judía y cristina. Factor decisivo en este período es su importante valor geoestratégico. Su carácter fronterizo (Granada-Castilla), provoca que los reyes castellanos le otorguen numerosos privilegios y concesiones, como el fuero de Cuenca.
La riqueza y el esplendor que Úbeda alcanzó en el siglo XVI vinieron determinados especialmente por la presencia de una nobleza cada vez más poderosa.